คณะกรรมการกฤษฎีกา มีวิวัฒนาการมาอย่างยาวนานโดยเริ่มต้นจากเคาน์ซิลออฟสเตด (Council of State) ที่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2417 ตาม พระราชบัญญัติเคาน์ซิลออฟสเตด คือ ที่ปฤกษาราชการแผ่นดิน เพื่อเป็นที่ปรึกษาในพระองค์ในการบริหารราชการแผ่นดินและการร่างกฎหมาย และเป็นองค์กรที่พิจารณาเรื่องราวเดือดร้อนของราษฎร ซึ่งแต่เดิมนั้นการร่างกฎหมายเป็นไปตามพระบรมราชโองการของพระมหากษัตริย์ เคาน์ซิลออฟสเตดจึงเป็นองค์กรแรกที่พระมหากษัตริย์ในระบอบสมบูรณาญาสิทธิราชย์ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งขึ้นเพื่อทำหน้าที่รับผิดชอบในการยกร่างและพิจารณาร่างกฎหมายโดยตรง

ผลงานร่างกฎหมายที่สำคัญของเคาน์ซิลออฟสเตด ได้แก่ การออกพระราชบัญญัติเกษียณอายุลูกทาสลูกไทย ประกาศเมื่อวันที่ 18 ตุลาคม พ.ศ. 2417 เพื่อกำหนดค่าตัวลูกทาสให้สูงสุดตอนเป็นเด็ก แล้วมีค่าตัวลดลงทุกปีจนหลุดพ้นเป็นไทได้จนหมดประเทศ เมื่อวันที่ 31 มีนาคม พ.ศ. 2448 เป็นต้น

ต่อมาเคาน์ซิลออฟสเตดไม่กล้าถวายความเห็น จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ยุบเลิกไป หลังจากนั้น ทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ ให้ตราพระราชบัญญัติรัฐมนตรี ร.ศ. 113 ขึ้น เพื่อให้มี รัฐมนตรี ทำหน้าที่ถวายคำปรึกษาเกี่ยวกับการออกแบบและการแก้ไขกฎหมายเก่าและคิดทำกฎหมายใหม่แทนเคาน์ซิลออฟสเตด แต่ระยะหลังรัฐมนตรีไม่กล้าถวายความเห็น จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ยุบเลิกไปเช่นเดียวกับเคาน์ซิลออฟสเตด

พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงเล็งเห็นถึงความสำคัญของการปรับปรุงระบบกฎหมายไทยและระบบศาลให้ทัดเทียมกับนานาอารยประเทศ เพื่อใช้เป็นข้อต่อรองกับต่างประเทศในการยกเลิกสนธิสัญญาสงวนสิทธิสภาพนอกอาณาเขต อันจะทำให้ประเทศไทยได้รับเอกราชทางศาล จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ปฏิรูประบบศาลไทยใหม่ รวมทั้งทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้จัดตั้ง กองกรรมการชำระประมวลกฎหมาย ขึ้น ในปี พ.ศ. 2440 โดยมีกรมหลวงราชบุรีดิเรกฤทธิ์ เป็นองค์ประธานกรรมการ และนักกฎหมายไทยอีกจำนวนหนึ่งเป็นกรรมการ เพื่อทำหน้าที่ชำระและยกร่างประมวลกฎหมายอาญา และต่อมาได้มีการตั้งกรรมการชำระประมวลกฎหมายขึ้นอีกหลายคณะเพื่อชำระและยกร่างประมวลกฎหมายอื่น ในการนี้ โปรด ฯ ให้จัดหาผู้เชี่ยวชาญด้านการร่างกฎหมายชาวต่างประเทศมาร่วมดำเนินการด้วย

ต่อมา ในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว มีพระราชดำริว่า แม้จะได้จัดตั้งกระทรวงยุติธรรมและปรับปรุงระบบศาลไทยใหม่แล้ว แต่การเจรจากับต่างประเทศเพื่อขอยกเลิกสนธิสัญญาสงวนสิทธิสภาพนอกอาณาเขตยังไม่ประสบผลสำเร็จ เนื่องจากกฎหมายที่กองกรรมการชำระประมวลกฎหมายจัดทำขึ้นนั้นยังไม่เป็นที่ยอมรับของชาวต่างประเทศ สมควรที่จะดำเนินการปรับปรุงระบบการร่างกฎหมายใหม่ จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ตั้ง กรมร่างกฎหมาย ขึ้นในปี พ.ศ. 2466 โดยยกกองกรรมการชำระประมวลกฎหมายขึ้นเป็นกรมชั้นอธิบดี สังกัดกระทรวงยุติธรรม โดยให้มีหน้าที่รับผิดชอบในการชำระประมวลกฎหมาย ให้ความเห็นทางกฎหมาย และยกร่างกฎหมายอื่น ๆ เพื่อให้การร่างกฎหมายถูกต้องตามหลักวิชา และเพื่อให้การร่างกฎหมายเป็นระบบระเบียบ และทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้หน่วยงานต่าง ๆ ส่งร่างกฎหมายให้กรมร่างกฎหมายตรวจแก้เสียก่อนที่จะนำขึ้นทูลเกล้าฯ ถวายเพื่อทรงลงพระปรมาภิไธยและประกาศใช้

ภายหลังการเปลี่ยนแปลงการปกครองเมื่อปี พ.ศ. 2475 ได้มีประกาศพระบรมราชโองการให้โอนกรมร่างกฎหมายมาขึ้นตรงต่อคณะกรรมการราษฎรเพื่อความสะดวกในการยกร่างกฎหมาย หลังจากนั้น รัฐบาลเห็นว่าองค์กรที่ทำหน้าที่ด้านการร่างกฎหมายควรมีอำนาจในการวินิจฉัยชี้ขาดข้อพิพาททางปกครองระหว่างรัฐกับเอกชนด้วยเช่นเดียวกับรัฐมนตรีสภา (Conseil d'État) ของประเทศในภาคพื้นยุโรป จึงได้มีการตราพระราชบัญญัติคณะกรรมการกฤษฎีกา พ.ศ. 2476 ขึ้น โดยให้มี คณะกรรมการกฤษฎีกา เพื่อทำหน้าที่ด้านการร่างกฎหมาย การให้ความเห็นทางกฎหมายแก่รัฐบาลและหน่วยงานของรัฐ และการวินิจฉัยชี้ขาดข้อพิพาททางปกครองระหว่างรัฐกับเอกชน แต่การทำหน้าที่วินิจฉัยชี้ขาดข้อพิพาททางปกครองนี้จะทำได้ต่อเมื่อมีการตรากฎหมายขึ้นเพื่อกำหนดว่าข้อพิพาทใดเป็นข้อพิพาททางปกครองแล้ว อย่างไรก็ดี คณะกรรมการกฤษฎีกาไม่เคยทำหน้าที่ในการวินิจฉัยชี้ขาดข้อพิพาททางปกครองเนื่องจากไม่มีการตรากฎหมายขึ้นเพื่อกำหนดว่าข้อพิพาทใดเป็นข้อพิพาททางปกครอง คงทำหน้าที่ด้านการร่างกฎหมายและการให้ความเห็นทางกฎหมายเท่านั้น

ต่อมา ได้มีการตราพระราชบัญญัติคณะกรรมการกฤษฎีกา พ.ศ. 2522 ขึ้น เพื่อปรับปรุงอำนาจหน้าที่ของคณะกรรมการกฤษฎีกาใหม่ โดยนอกจากงานร่างกฎหมายและให้ความเห็นทางกฎหมายแล้ว พระราชบัญญัติดังกล่าวได้ให้อำนาจแก่คณะกรรมการกฤษฎีกาในการวินิจฉัยข้อพิพาททางปกครองด้วย และในปี พ.ศ. 2535 ได้มีการปรับปรุงพระราชบัญญัติคณะกรรมการกฤษฎีกาฯ เพื่อจัดตั้ง คณะกรรมการพัฒนากฎหมาย ขึ้นเพื่อศึกษาวิจัยว่ากฎหมายใดมีบทบัญญัติไม่เหมาะสมแก่กาลสมัยและสมควรปรับปรุงแก้ไขหรือสมควรมีกฎหมายใดขึ้นใหม่อันจะเป็นประโยชน์ต่อการยกร่างหรือแก้ไขปรับปรุงกฎหมายต่อไป

ในปี พ.ศ. 2542 ได้มีการตราพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครอง พ.ศ. 2542 ขึ้นเพื่อจัดตั้งศาลปกครองเพื่อทำหน้าที่ในการวินิจฉัยชี้ขาดข้อพิพาททางปกครองโดยเฉพาะ โดยพระราชบัญญัติดังกล่าวให้โอนบรรดาเรื่องร้องทุกข์ที่อยู่ในความรับผิดชอบของคณะกรรมการกฤษฎีกาไปเป็นคดีของศาลปกครอง และมีการแก้ไขเพิ่มเติมพระราชบัญญัติคณะกรรมการกฤษฎีกาฯโดยให้โอนบรรดาบุคลากรและอำนาจหน้าที่เกี่ยวกับการพิจารณาและวินิจฉัยเรื่องร้องทุกข์ของสำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกาไปเป็นของศาลปกครอง